L'église Notre-Dame-de-Recouvrance : L'église est construite entre 1513 et 1519. Durant les guerres de religion, le bâtiment, comme d'autres églises de la ville, est incendié par les protestants (huguenots) en 1562 et 1567. Les charpentes seront détruites, mais l'édifice sera rapidement reconstruit.

L'église Saint-Aignan : Dès 1562, en pleine guerre de religion, les Huguenots (protestants) pillent l'église et reviennent en 1567 pour faire sauter la nef et démanteler les toitures et les voûtes. L'église sera une fois de plus reconstruite dès le début du 16ème siècle par Louis XIII. 

L'église Saint-Donatien : En 1562, ce sont les protestants qui s'en emparent et la pille. 

L'église Saint-Euverte : L'église sera à nouveau mise à mal en 1562 pendant les guerres de religions. Les Calvinistes incendient la toiture et saccagent le bâtiment. Le clocher fut reconstruit en 1565 mais, avec trois étages seulement. 

L'église Saint-Paul : les protestants brûlèrent Saint-Paul qui sera restaurée à partir de 1574.

La Basilique de Saint-Avit : Elle sera rasée par les Huguenots pendant les guerres de religion.

Notre Dame-du-Chemin (Rue de Solférino) :  1562 - L'église est dévastée par les Huguenots.

Saint-Benoit-du-Retour (Rue du Cloître Saint-Benoit) : 1562 - L'église est démolie par les Huguenots, puis reconstruite.

Eglise Saint-Etienne (8, rue Saint Etienne) : 1562 - L'église est détruite par les Huguenots puis reconstruite.

Eglise Saint-Flou (Notre-Dame-de-la-Conception) : Rue de la Tour Neuve - Rue Saint-Flou. 1562 - L'église est dévastée par les Huguenots puis reconstruite.

Eglise Saint-Germain-des-Juifs (Rue Saint-Germain) : 1562 - L'église est dévastée par les Huguenots puis reconstruite.

Eglise Saint-Liphard (169, rue de Bourgogne) : 1562 - L'église est démolie par les Huguenots, puis reconstruite.

Eglise Saint-Pierre-Empont (Rue du Cloître Saint-Pierre-Empont) : 1562 - L'église est ruinée par les Huguenots, puis reconstruite.

L'Eglise Saint-Gervais (Saint-Phallier), au 29, de la rue Saint-Marc, existe depuis au moins l'an 840. Elle sera détruite en 1358 et 1428 lors des invasions Anglaises, puis reconstruite dès 1482 par Charlotte de Savoie, seconde femme de Louis XI. Elle prit alors le nom de Saint-Phallier. En 1562, les Huguenots dévastent l'église qui sera reconstruite puis supprimée et vendue à la Révolution.

L'église Saint-Sulpice (construite vers 855, détruite en 1794). Sise entre les rues Charles Sanglier et Sainte-Catherine, elle appartenait à l'abbaye Saint-Sulpice de Bourges. En 1562, elle est détruite par les Huguenots, puis restaurée.

La Motte Saint-Antoine : L'île s'appuyait sur les deux arches du milieu du vieux pont. L'île sera fortifiée en 1428 et en 1562 par les protestants.

La Motte des Poissonniers : L'île s'appuyait sur les deux arches du milieu du vieux pont. L'île sera fortifiée en 1428 et en 1562 par les protestants.

Les Augustins : Les Révérends Pères Augustins furent reçus à Orléans vers l'an 1280. Ils s'installent au sud de la Loire, près du pont des Tourelles. Leur chapelle prend le nom de « Notre-Dame-des-Aides ». A diverses reprises, le couvent est détruit : par les inondations du fleuve, par les Orléanais, lors du siège de 1428. Reconstruit par la suite, il est démoli de nouveau en 1562, par les Huguenots puis par les Ligueurs. En 1613, Louis XIII fait reconstruire le monastère, un peu plus au sud (près de la place de la Bascule). A la Révolution, au départ des Augustins, la propriété est vendue en 1791. Une raffinerie puis une tuilerie-briqueterie s’y installent.

Les grands Carmes. Les grands Carmes vinrent à Orléans vers l'an 1265 et s'établirent sur l'emplacement occupé de nos jours par l’ancien l'Hôpital Général. Ce couvent fut détruit par les Anglais en 1358. Ils construisirent alors un nouveau couvent, rue des Carmes, détruit à son tour par les Orléanais en 1428, lors du Siège. Les Carmes édifièrent ensuite un monastère plus vaste. Leur église, fut démolie, ainsi que le couvent, en 1562, par les Huguenots. Dès 1570, avec l'aide de Charles IX, ils se remirent à l'œuvre et reconstruisirent un nouvel établissement. L'église sera achevée en 1604. Avec la Révolution, les Carmes quittèrent Orléans en 1790. Le couvent, mis en vente fut acheté par l'architecte Lebrun qui le démolit et construisit sur son emplacement un vaste immeuble en bordure de la rue des Carmes.

Notre-Dame et Saint-Vrain alias Sainte-Anne – Cimetière Sainte-Croix (Campo Santo). C'était la chapelle du cimetière. En 1266, l'évêque, Robert de Courtenay, en pose les fondements et la confrérie des Ecrivains se charge de l'édifice. En 1297- 1299, un acte de l'évêque Ferry de Lorraine signale que le nom de Saint-Vrain fut ajouté à celui de Notre-Dame, pour désigner la chapelle. Elle est détruite par les Orléanais lors des invasions Anglaises en 1358 et 1428. En 1474, époque où l'on commence la construction des arcades du cimetière, elle est reconstruite sur un autre emplacement (en bordure de la rue Dupanloup) A la fin du 15ème siècle, elle est cédée à la confrérie des menuisiers et prend le nom de Sainte-Anne. Ruinée en 1562 par les Huguenots, elle est réédifiée en 1569. En 1786, le cimetière est supprimé et la chapelle démolie en 1788. Sur son emplacement fut construit peu après le Bureau de bienfaisance, œuvre du docteur Antoine Petit, remplacé en 1969 par l'école des Beaux-Arts.

Les Jacobins. Les Jacobins (nom donné aux Dominicains dont la maison-mère était située rue Saint-Jacques à Paris) sont venus à Orléans en 1218 ou 1219. A ce moment, l'évêque Philippe de Jouy leur donna l'église Saint-Germain-des-Fossés située au nord des fortifications. On installa chez eux les Ecoles de Théologie et de Droit jusqu'en 1337. Durant les guerres anglaises, le couvent fut détruit par les Orléanais en 1358, rétabli en 1389 et démoli de nouveau en 1428. Reconstruit peu après, il fut ruiné, en 1562 et 1567, par les Huguenots. Jacques Alleaume, bourgeois d'Orléans le fit rebâtir en 1575. Dans l'église des Jacobins se trouvait la chapelle de Notre-Dame de Pitié, fondée en 1473, siège de la confrérie des Marchands fréquentant la rivière de Loire. Avec la Révolution, les Jacobins quittèrent Orléans en 1791. Devenu bien national, le couvent acheté par la ville d'Orléans fut transformé en caserne (Caserne Duportail). Les bâtiments, cédés par l'Etat à la ville d'Orléans en 1912, disparurent, ainsi que la chapelle, en 1927 pour faire place au quartier appelé alors Les Champs-Elysées.

La Madeleine. Dans le faubourg Madeleine, se trouvait, au 11ème siècle, une église Sainte-Marie-Madeleine. En 1113, l'évêque Jean II la concéda au bienheureux Robert d'Arbrissel, qui y installa un prieuré dépendant de l'abbaye de Fontevrault. Le monastère et l'église, démolis par les Orléanais lors des invasions anglaises en 1428, reconstruits en 1466, furent de nouveau ruinés en 1562 par les Huguenots, puis restaurés en 1600 par Fougeu d'Escures. A la Révolution, les religieuses quittèrent Orléans en 1792. Le monastère fut vendu et démoli, ainsi que l'église, en 1799. A la Madeleine était joint un prieuré Saint-Jean-l'Evangéliste, avec sa chapelle, construit au 12ème siècle et détruit en 1562. C’était une communauté d'hommes dépendant du monastère de femmes.

Saint-Loup-lez-Orléans. Au début du 13ème siècle, à l'entrée du faubourg Bannier (n° 26) existait une petite communauté, les Filles-Dieu ou religieuses de la Calle. En 1249, l’évêque Guillaume de Bucy leur fit don de l’église paroissiale de Saint Loup-lez-Orléans où elles vinrent s'installer. C'était là, selon la tradition, qu'était né Saint-Loup, évêque de Sens (de 609 à 623). En 1428, le prieuré transformé en forteresse par les Anglais fut assiégé par Jeanne d'Arc le 4 mai 1429. Il sera reconstruit et les religieuses s'y réinstallèrent en 1448. Dévasté par les Huguenots en 1562, il fut réédifié avec une église plus vaste en 1580. La paroisse fut alors supprimée. Le prieuré fut érigé en abbaye en 1639. Vers 1719, de nouveaux bâtiments furent construits. Avec la Révolution, les Bénédictines quittèrent Saint Loup en 1792. L’abbaye fut vendue et devient propriété particulière.