Au début du 11ème siècle, l'église est reconstruite par Robert le Pieux. Puis vient la terrible et interminable guerre de cent ans. En 1359, sous le siège des Anglais, la collégiale est détruite par les Orléanais par crainte de voir l'ennemi s'en emparer (Saint-Pierre du Martroi et Saint-Euverte subiront le même sort). De cette destruction, il ne restera que la crypte. L'église est ensuite partiellement restaurée.

En 1428, l'histoire se répète avec l'envahisseur Anglais, et l'église est rasée une seconde fois. Dès 1439, les travaux de reconstruction sont entrepris sous le règne de Charles VII. Quelques années plus tard, Louis XI intègre la collégiale à l'intérieur des remparts de la ville par la construction d'un nouveau mur.

Sous Charles VIII et Louis XII l'église est agrandie. Dès 1562, en pleine guerre de religion, les Huguenots (protestants) pillent l'église et reviennent en 1567 pour faire sauter la nef et démanteler les toitures et les voûtes.

L'église sera une fois de plus reconstruite dès le début du 16ème siècle par Louis XIII.

En 1791, l'église est rachetée par l'architecte Lubrun . il transformera en salle de spectacle les magasins et greniers du chapitre qui finalement sera restitué au culte en 1804.