En novembre 1789, les biens ecclésiastiques sont saisis et les ordres monastiques supprimés. En 1792, les Sulpiciens refusent de prêter serment à la constitution civile du clergé, ce qui sert de prétexte à la fermeture du séminaire qui est rapidement transformé en prison pour ecclésiastiques et suspects, puis en atelier de cordonnerie militaire, et en salle de danse. En 1800, l'écuyer Joanny, qui se produit dans les cirques, y installe son manège. Sous la Seconde Restauration, les séminaristes peuvent retourner en 1825 dans les locaux originels. 

Ils en sont à nouveau chassés après la loi de séparation des Églises et de l'État en 1905. Le grand séminaire s'installe alors dans des locaux provisoires au 1, rue Pasteur, avant de déménager au 1, cloître Saint-Aignan le 1er juillet 1909, dans les anciens locaux de la communauté religieuse catholique des Ursulines, également chassée par les lois anticléricales en 1904. Le séminaire s'y trouve toujours aujourd'hui.

Pendant la guerre de 1914-1918, 19 séminaristes meurent au front, ainsi qu'un enseignant. Devant l'afflux des vocations dans l'après première guerre mondiale, le séminaire est de nouveau trop à l'étroit. Les nouveaux locaux sur le côté ouest avec un réfectoire longeant la rue Coligny sont prêts en 1930.

A partir des années 1960 les vocations se font moindre. Le premier cycle d'enseignement de tous les diocèses de la région Centre est regroupé à Tours en 1967, tandis qu'Orléans ne devient plus qu'un centre de formation du second cycle. 

Finalement en 1980, Mgr Lustiger, évêque d'Orléans, décide de réinstituer le séminaire en inaugurant un premier cycle propre au cloître Saint-Aignan. L'enseignement comprend six années d'études.