Il place aux sommets des échelles du savoir et de la félicité le « vrai catholique », c'est-à-dire celui qui, par un travail de recherche intellectuelle et d’ascèse morale sur lui-même, a développé une science de Dieu totalement opposée à la foi dénoncée comme une aliénation.

Le parlement de Paris le condamna à être pendu puis brûlé, non pour athéisme mais pour avoir « tenu dit et maintenu des blasphèmes et propos erronés contre l’honneur de Dieu et  notre mère sainte Église ». Il fut exécuté le 9 février 1574 en place de Grève à Paris (actuelle place de l'Hôtel de ville).