Il fallait un lieu digne pour accueillir la châsse (Cercueil reliquaire) de Saint-Aignan auquel tous vouaient une grande dévotion. L’église fera 84 mètres de long sur 24 et s’élèvera à plus de 20 mètres. Sous ce nouveau sanctuaire, se bâtit la crypte, en forme d’église souterraine, pour abriter le corps du saint dans un martyrium de 8 mètres sur 2. Le martyrium est fermé par un mur percé de quatre ouvertures permettant de voir les reliques. La crypte semi-enterrée, était éclairée par des fenêtres et comporte un large déambulatoire avec cinq chapelles.

La guerre de 100 ans et les guerres de religion mettront à mal l’église et la crypte qui sera comblée lors de travaux au 16ème siècle. En 1953, la Société Française d’Archéologie entreprend une visite de la crypte et remettra à jour la crypte sous la conduite de Pierre Hamel (membre de la Société archéologique et historique de l'orléanais).