L'université d'Orléans succéda aux Grandes Ecoles de Sainte-Croix vers 1310, Philippe le Bel en sera le créateur et le Pape Clément V l'érigera en Université de droit canon (religieux) et de droit civil. Dès 1367, elle devient l'une des universités les plus célèbres de France. La chapelle de Notre-Dame-de-Bonne-Nouvelle (actuelle Préfecture) servait accessoirement de lieu de réunion, de prière et d'administration. 

Toutefois, entre 1411 et 1445, un bâtiment est construit pour servir de lieux de réunions et de bibliothèque : La salle des thèses. D'importants travaux sont entrepris pour cette nouvelle salle sise entre la rue Pothier et la rue des Gobelets, mais la guerre de 100 ans retarde les travaux.

En 1539, la salle des Thèses est surmontée d'un clocher. Vers la fin du 17ème siècle, le bâtiment est en piteux état, et ne sert plus que d'entrepôt. Vers 1757, le clocher menace de s'effondrer et sera supprimé. Le logement du libraire est démoli vers 1810 lors de l'élargissement de la rue de l'Ecrivinerie, qui prend alors le nom de Robert Joseph Pothier, célèbre professeur de droit à l'université d'Orléans, qui mourut au n°23 de cette même rue. L'intérieur du bâtiment est remarquable avec ses voûtes en ogives et ses gravures. 

On compte parmi ses élèves : Jean Calvin, Théodore de Bèse, François Rabelais, Agrippa d'Aubigne, Guillaume Budé, Etienne de la Boétie ou encore le philosophe Erasme ainsi que Charles Perrault, Jean de la Bruyère et Molière.