Autrefois rue du Puits-Cinq-Sols*, la rue Sain-Germain (et sa venelle) porte le nom de l'ancienne église Saint-Germain, bâtie, selon la légende là où Saint-Germain réssuscita un mort...

La première chapelle fut édifiée par Saint-Aignan en personne qui eu l'honneur de recevoir Saint-Germain, évêque d'Auxerre lors de son passage à Orléans. L'église sera rasée en 1789.

* Au 12ème siècle, la rue était en plein quartier juif, un puits servant aux ablutions y trônait : Le puits de la Circoncision. La redevance pour utiliser cette eau était de cinq sols.