Le 12 août 1941, il est arrêté, interrogé par la police de Vichy et est emprisonné à la prison Montluc à Lyon. Libéré en novembre 1941, il reprend ses activités avant de s'embarquer pour l'Algérie.

Au moment du débarquement allié de novembre 1942, il fait partie du coup de force qui neutralise Alger. Il s'engage ensuite dans un commando français qu'il contribue à mettre sur pied, le Special Detachment, rattaché à la 1re Armée britannique. Ayant effectué 21 missions de sabotage dans les lignes ennemies, il est promu lieutenant et, volontaire pour suivre des cours de parachutisme, retourne à Alger. Ragueneau tire alors à la courte paille avec trois de ses compagnons d'armes, Othon Gross, Robert Tournier et Fernand Bonnier de La Chapelle, pour désigner celui qui assassinera l'Amiral François Darlan. C'est finalement Bonnier qui est désigné et qui exécutera ce dernier le 24 décembre 1942.

Il est affecté en novembre 1943 à Alger, au Bureau central de renseignements et d'action (BCRA), avant de partir, le 1er décembre, pour Londres où il suit un entraînement intensif (parachutisme, sabotage, espionnage, etc.).

Dans la nuit du 9 au 10 juin 1944, nommé capitaine, il est parachuté dans le Morbihan au sein d'une équipe avec pour mission d'armer et de former les maquis. 

Quelques jours plus tard, il est nommé délégué militaire départemental en Loire-inférieure. Après l'arrivée des troupes américaines, fin août, il rentre à Londres.

Parachuté une seconde fois, le 7 septembre 1944, à Martaizé (sur le terrain Pommard), un village proche de Loudun, dans la Vienne, il se casse une jambe à l'atterrissage. Il contribue cependant à mettre sur pied le 1er Groupement Mobile qui monte au contact des Allemands retranchés sur la ligne Pornic-Paimbœuf et les refoule vers Saint-Nazaire après de durs combats.