Appelé à diriger l'école abbatiale de Ramsay (Yorkshire), il revient à Fleury pour en être bientôt élu abbé (988). Son œuvre se confond, dès lors, avec son effort pour la réforme de l'Église. Il lutte avec âpreté contre les ingérences des évêques dans les affaires des abbayes et leurs empiétements sur les droits des moines, ainsi que pour l'indépendance des monastères par rapport à tout autre pouvoir, laïc ou ecclésiastique, que celui du pape. Il s'intègre donc dans le grand mouvement de réforme dont il sera le principal promoteur dans les pays anglais et même germaniques. 

Jusqu'à sa mort, il s'oppose aux évêques sur les terrains économique, juridique et moral, dans des polémiques parfois violentes dont il reste de nombreux échos dans son Apologie et dans son importante correspondance. Il lutte contre le relâchement des moines, dont le seul but doit être, selon lui, la contemplation et la prière dans la retraite et dans l'étude. 

Il cherchait à réformer dans cet esprit le prieuré de La Réole quand il fut mortellement blessé au cours d'une rixe entre des moines et leurs serfs (il est blessé d'un coup de lance au bras gauche et aux côtes et meurt d'une hémorragie).