Le 23 mai 1316, les membres de l’université, mécontents des nombreuses insultes impunies reçues de la part des habitants d’Orléans, décidèrent de tous migrer à Nevers, autre cité ligérienne. Mais sur place, les relations avec les habitants se détériorèrent très vite. Rixes et bagarres se multipliaient, avec une violence et une fréquence supérieures à celles d’Orléans. Une émeute éclata et les bourgeois envahirent les locaux des étudiants, se saisirent de la chaire du doyen pour la jeter dans la Loire en criant : Tu viens d’Orléans ! Retournes-y !

Entre temps, Philippe V avait succédé à Louis X. Le nouveau roi, après multiples « tables rondes » entre étudiants et bourgeois Orléanais, finira par trouver un accord qui apaisera un temps les conflits. L’université conservait ses privilèges, mais une taxe sera prélevée sur les achats des étudiants et sera partagée entre les docteurs de l’université et les habitants élus par le corps municipal à cet effet.