L'église est reconstruite à partir de 1500, et on lui adjoint une tour surmontée d'un dôme en pierre de taille. Après les guerres de religion, l'église est remise en état, moyennant d'importants travaux.

• 1771, un sanctuaire est aménagé et le prieuré est supprimé à la Révolution.

• 1795, l'église est rendue au culte, mais elle est rebaptisée, c'est ainsi que Saint-Paterne devient le temple des vieillards.

• 1812, une petite chapelle de la Sainte-Vierge est construite dans le bas-côté nord.

• 1870, devant l'état déplorable du bâtiment, il faut reconstruire une nouvelle église.

• 1876, Mgr Dupanloup (Evêque d'Orléans) pose la première pierre.

• 1883, le chœur, les chapelles, le transept et la sacristie sont terminés.

• 1888, démarrage de la reconstruction de la nef.

• 1894, la nouvelle église est consacrée solennellement par Mgr Touchet (Evêque d'Orléans).

• 1913, la tour menace de s'écrouler, elle sera détruite sous la mandature du maire Fernand Rabier