Notre-Dame-des-Forges (construite en 931). Elle appartenait au chapitre de Sainte Croix et se situait vers la rue de l'Etelon. Après sa disparition à une date inconnue, l'église Saint-Victor reprendra son nom.

Chapelle du Crucifix de Saint-Aignan (Cloître Saint-Aignan). Elle disparaitra à la Révolution.

L’église de Saint-Evrou (construite en 945, détruite en 1321). Située porte Dunoise, au sud de la rue des Trois Clefs, en 945, Hugues le Grand y rapporte les reliques de ce saint.

L'église Saint-Germain-des-Fossés (construite avant 1219). Sise rue Paul Fourché, l'église appartenait aux Jacobins (Dominicains).

L'Eglise Saint-Gervais (Saint-Phallier). Sise au 29, de la rue Saint-Marc, l'église existe depuis au moins l'an 840. En 1708, elle devient prieuré de l'abbaye de Fleury (Saint-Benoit-sur-Loire). Elle sera détruite en 1358 et 1428 lors des invasions Anglaises, puis reconstruite dès 1482 par Charlotte de Savoie, seconde femme de Louis XI. Elle prit alors le nom de Saint-Phallier. En 1562, les Huguenots dévastent l'église qui sera reconstruite puis supprimée et vendue à la Révolution.

L'église Saint-Louis du Châtelet (Construite vers 1176, détruite en 1758). Située dans les jardins du Châtelet, elle sera donnée en 1176, par Louis XII, à l'abbaye de Saint-Euverte. Démolie en 1758, elle servira de magasin avant de disparaitre.

L’église Saint-Martin-Cuisse-de-Vache (Construite vers 840, détruite en 1428). Sise près du cloître Saint-Aignan et bien du Chapitre de Sainte-Croix, elle est utilisée de 989 à 1022 par le chapitre de Saint-Aignan suite à l'incendie de son église. Rasée en 1358 par les Orléanais pour des raisons stratégiques, elle est ensuite reconstruite avant de disparaitre en 1428. Elle se situait exactement au 3, rue Edouard Fournier.

L'église Saint-Martin-de-la-Mine (Construite avant 1408). Elle était située rue Saint-Martin de la Mine, au Nord de la rue Parisie.

L'église de Saint-Mesmin (Construite en 670, détruite en 1358). Sise devant le portail de Saint-Aignan, le corps de Saint-Mesmin y reposa jusqu'en 834. Elle appartenait au chapitre de Sainte-Croix et sera démolie en 1358 lors des invasions Anglaises.

L'église Saint-Martin-de-l'Alleu (construite vers 956, date de disparition inconnue). Sise au 10, de la rue Jeanne d'Arc, la chapelle devient Eglise en 1408.En 1567, l'église est dévastée par les Huguenots, puis réédifiée. En 1791, la paroisse est supprimée, l'église est vendue pour devenir épicerie. En 1839, la ville rachète le bâtiment et le transforme en collège (Anatole Bailly).

L'église Saint-Sauveur (construite en 1182, désaffectée en 1791). Sise rue de Bourgogne, d'abord collégiale, elle fut donnée en 1200 par Philippe Auguste aux Hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem puis aux chevaliers de Rhodes et de Malte. La commanderie de Saint-Marc s'y installa. En 1565, elle servira de temple aux Huguenots. Vendue à la Révolution, elle deviendra imprimerie puis école.

La Chapelle Saint-Serge et Bacchus (construite en 1188, disparue). Sise près du cloître Saint-Aignan, et dépendante de l'abbaye Saint-Jean-de-Sens, en 1261, elle est rachetée par le chapitre de Saint-Aignan avant de disparaitre à une date inconnue.

L'église Saint-Sulpice (construite vers 855, détruite en 1794). Sise entre les rues Charles Sanglier et Sainte-Catherine, elle appartenait à l'abbaye Saint-Sulpice de Bourges. En 930, elle sera donnée par Hugues le Grand à l'abbaye de Saint-Symphorien d'Orléans. Annexée à sa voisine, l'église Saint-Maclou, elle deviendra église paroissiale. En 1562, elle est détruite par les Huguenots, puis restaurée. En 1769, la paroisse est supprimée, l'église deviendra un magasin en 1778 puis démolie en 1794.

La chapelle Saint-Antoine. Construite sur une motte de l’ancien pont, elle sera dévastée pendant le siège de 1428. Louis XII la fait réparer en 1501. Elle disparaitra avec la démolition de l’ancien pont des tourelles et le retrait des mottes.