Le quai sera réaménagé par l'ingénieur Jousselin entre 1822 et 1823. Il réalisera également les quais du Roi, du Fort Alleaume et le quai Saint-Laurent. 

Son nom lui vient du couvent de la Madeleine qui se trouvait sur les bords de Loire (situé sur l'actuelle rue Mothiron) L'église (11ème siècle) deviendra le prieuré de La Madeleine en 1113 et ne disparaîtra qu'à la Révolution française.