En décembre 1940, alors qu’il est en permission, il est rappelé par Leclerc pour participer aux opérations de Libye. Il devient le médecin-chef de la colonne Leclerc. 

En 1941, il participe à la prise de l'oasis de Koufra.  Reste à conquérir El Taj, le point fort que défend un bataillon et où flotte toujours le drapeau italien. Pendant les dix jours du siège, le docteur Laquintinie demeure sans faiblir à la tâche. Pourtant, le paludisme dont il souffre et qu'il a toujours traité par le mépris l'a repris. De plus, en opérant dans ces conditions précaires, il s'est piqué à la main. Le lendemain, une septicémie se déclenche, la fièvre le tourmente, dans cette chaleur accablante qui écrase les combattants. Il refuse de se laisser évacuer. 

Le 1er mars, El Taj se rend. C'est alors que Leclerc, face à ses hommes figés au garde-à-vous, prononce le serment de Koufra. Laquintinie accepte maintenant d'être ramené au Cameroun. Malgré une amputation du bras, il est trop tard : la fièvre qui terrasse le chirurgien de Koufra n'est pas due au seul paludisme, mais à la septicémie qu'il a contractée en opérant. Il meurt le 5 mars 1941.