En 1642, Richelieu crée la Compagnie française d'Orient, 12 ans avant la Compagnie des Indes orientales fondée par Colbert. Parmi les associés figurent deux parents d’Étienne : son oncle, Julius de Loynes, secrétaire général de la marine, et son demi-frère, Pierre de Beausse.

En 1647, les actionnaires de la Société décident d’envoyer Étienne de Flacourt à Port-Dauphin (Madagascar) pour examiner la gestion désastreuse du gouverneur Jacques Pronis. Son épouse, restée en France donnera naissance à deux enfants dont il n'apprendra l'existence qu'à son retour !

Parti de La Rochelle à bord du Saint-Laurent, il arrive au Fort-Dauphin le 3 décembre 1648. Il dispose de 28 plaintes déposées contre Pronis. Hébergé chez ce dernier même, il mène une enquête à son sujet et apprend notamment que son hôte s'est livré à la traite négrière et le contraint à quitter son poste.

Étienne de Flacourt se retrouve seul à la tête de la colonie au milieu de l'année 1650. L'oisiveté qui s'y développe rapidement se transforme en une gigantesque révolte d'insurgés appuyés par des guerriers de la région impliquant peut-être 10 000 personnes, selon Flacourt. Pour la première fois dans l'histoire de la colonie, il demande que l'on fasse usage des canons et ceux-ci ont effectivement raison de la foule armée de flèches.

Une fois installé, Étienne de Flacourt remet de l’ordre à Fort-Dauphin. Cependant, il rencontre des difficultés et, pendant presque six ans, il ne reçoit pas de soutien de la  France. la Société de l’Orient fait faillite. Délaissé, Étienne de Flacourt commence à envisager son retour en France.

Sans nouvelles du Saint-Laurent, Flacourt fait entreprendre la construction d'un navire. Le vaisseau construit pour le retour est terminé le 10 septembre 1652. Flacourt prend en décembre de l'année suivante la décision de quitter Madagascar et de regagner l'Europe à son bord.

Pressentant une nouvelle révolte à l'annonce de son départ, il fait convoquer Antoine Couillard le chef des insurgés, et lui fait part dans le plus grand secret de son projet de retour au pays, probablement pour lui faire espérer sagement le poste de chef de la colonie à sa suite. Flacourt met les voiles à bord de son nouveau "Sainte-Marie" le 27 décembre 1653. Mais des voies d'eau se révèlent bien vite très importantes et le navire de fortune doit rentrer dans la colonie après avoir abandonné l'idée d'une escale technique à l'« Isle de France » (actuelle île Maurice).

Antoine Couillard, gouverneur par intérim, se sent trahi par le retour de Flacourt. Ce dernier fait arrêter Couillard le 13 avril 1654, ce qui lui vaut d'échapper à une tentative d'assassinat sur sa personne programmée par pour le surlendemain. L'arrestation de son opposant permet par ailleurs à de Flacourt de reprendre son poste. Flacourt quitte à nouveau Madagascar le 12 février 1655 et arrive en France au début du mois de juin.

Étienne de Flacourt est rapidement confronté à de nombreuses tracasseries administratives, notamment de la part des marins du Saint-Laurent revenus en 1650 et qui attendent toujours leur solde. Flacourt honore la dette.

Il s'embarque pour l'océan Indien à bord de "la Vierge" le 20 mai 1660 à Dieppe. Le bateau est attaqué au large de Lisbonne par trois pirates barbaresques qui le pillent puis le font sauter. C'est ainsi qu'il meurt le 10 juin 1660.